痛经小腹两侧疼可能是排卵性腹痛、痛经、卵巢黄体破裂、卵巢囊肿蒂扭转或破裂、与妊娠有关的疾病、急性阑尾炎、心因性腹痛等原因引起。
痛经小腹两侧疼的原因可能是多方面的，以下是一些可能的原因：
1.排卵性腹痛：青春期女孩在排卵时，卵泡破裂，卵泡液对腹膜可能有一定的刺激作用，所以她们有时会出现左右交替的、每月一次的轻微腹痛。这属于生理性的，表现多为一侧性下腹隐痛、钝痛或坠胀样疼痛，部分少女同时伴有少许阴道出血，即排卵期出血，多在一两天后自行消失，一般不超过七天。这种腹痛多无任何病理改变，妇科检查也完全正常，属于生理性腹痛，一般不需处理。
2.痛经：痛经分原发性与继发性痛经两种。原发性痛经常见于青春期少女，原因与体内前列腺素水平、寒冷、情绪心理因素有关。而继发性痛经常见原因为子宫内膜异位症及子宫腺肌症。表现为疼痛逐渐加重，多呈周期性发作，或非经期下腹有隐痛而行经前后加重。此外，常伴有不孕及月经失调，往往需要药物治疗。
3.卵巢黄体破裂：这是因黄体内出血较多所致，伴有突然发作的下腹部或一侧的腹痛，严重时还可出现休克。卵巢黄体破裂绝大部分发生在月经周期的第20～26天，发病时可出现下腹部疼痛，轻重不一。卵巢黄体在破裂之前，均有卵巢充血、肿大的过程，当卵巢受到外力或间接外力的影响，特别是月经前期充血时，如因大便用力、外伤、性交等情况下，很容易导致卵巢黄体破裂。
4.卵巢囊肿蒂扭转或破裂：这是因为囊肿的蒂较长，体积也大，与周围没有黏连，活动性大，当受到肠蠕动或体位变动影响时，易发生扭转。卵巢肿瘤蒂扭转时，疼痛突然发生于下腹部一侧，为持续性绞痛，常伴有恶心与呕吐；腹部可有明显压痛和肌肉紧张；肛门指检可发现肿大、触痛的附件。卵巢囊肿尚可发生破裂，破裂后内容物刺激腹膜产生剧烈疼痛。
5.与妊娠有关的疾病：近年来，少女妊娠的病例并不少见，而她们在此之前往往羞于就医。这些患者出现急性腹痛时，病因不易明确，需依靠辅助检查，结合病史、体征及必要的辅助检查才能确诊。其中要特别注意异位妊娠（宫外孕），也就是通常所说的急腹症，应及时手术治疗。
6.急性阑尾炎：是一种少女常见的下腹部疼痛，其特点是转移性腹痛，即开始时在上腹部脐周围痛，经几小时或十几个小时后，腹痛转移到右下腹部，多伴有恶心、呕吐、腹胀等。压痛和反跳痛是阑尾炎的主要体征。
7.心因性腹痛：如有学校恐怖症的少女，患者害怕上学，害怕参加考试。如果强迫患者去学校，她就会产生焦虑情绪和焦虑性躯体不适，如面色苍白、心率加快、腹痛难耐、呕吐、头痛头晕等，有的患者甚至出现痛经等现象。而一到假期或可以不去学校时，这些症状就会自然消失。
总之，少女出现腹痛症状时，不论是原发性还是继发性痛经，均应及时到医院就诊，以便明确病因后进行治疗。此外，青春期少女要注意经期卫生，正确使用经期卫生用品，经期勤换卫生巾或卫生纸，每日用温水清洗外阴，不宜洗盆浴或坐浴，以免污水进入阴道，引起感染。洗澡时要用淋浴，以免污水进入阴道，引起感染。保持乐观稳定的情绪，适当控制运动量，注意保暖，避免淋雨、涉水、游泳或用冷水洗澡、洗头、洗脚，或久坐冷地等。
