3岁宝宝牙齿上有黑渍可能与食物残留、色素沉着或龋齿等因素有关。要根据情况处理。
在吃完巧克力或糖果等深色食物后，没有及时漱口，那么食物残渣留存在牙齿上，就会导致3岁宝宝牙齿上出现黑渍。一般通过刷牙就可以去除食物残留。日常要注意口腔卫生，指导宝宝正确刷牙，以防龋齿的发生。
经常食用碳酸饮料、巧克力等深色食物，不充分清洁牙齿后，便会导致色素附着在牙齿表面形成色素沉着，出现3岁宝宝牙齿有黑渍的情况。平时要注意指导宝宝充分清洁牙齿，必要时进行牙面清洁抛光祛除黑渍。
龋齿一般是由变异链球菌、乳酸杆菌或放线杆菌等细菌感染引起，龋齿还和进食含糖食物、牙齿拥挤、唾液质量变化、时间发展等因素有关。发生龋齿后，宝宝牙齿表面会出现斑块或黑色龋洞，从而会表现为黑渍。
对于初期龋齿，患者可以选择8%氟化亚锡溶液或75%的氟化钠甘油糊剂等药物进行填充，如果是乳牙发生龋齿，可以使用氟化氨银制剂处理龋洞。当患者龋齿出现缺损时，可以选择手术填充，比如银汞合金填充术、复合树脂直接粘接修复术或嵌体修复术等。患者还可以选择再矿化疗法或窝沟封闭消除早期龋损。患者日常要注意保持口腔卫生，坚持餐后刷牙，可以使用牙线等工具充分清洁牙齿。还要减少糖的摄入，尽量少吃甜食。患者可以进行预防性涂氟，保护牙齿。还要注意定期检查口腔，保护牙齿健康。
