皮下有黑点长在肉里考虑与色素痣、皮下瘀血、跖疣等原因有关，处理措施要根据病因决定，具体如下：
1、色素痣
色素痣是来源于黑色素细胞的良性增生，与周围组织界限清楚，边缘规则，可呈现为黑色，从而表现为皮下有黑点长在肉里。
如果没有外观要求，色素痣通常不需要采取治疗。如果发现色素痣直径超过1.5厘米、边缘不规则或是颜色不均匀，甚至迅速增大或是隆起、破溃，则考虑有癌变的可能，需要及时做手术切除治疗。本病整体预后良好，恶变的风险并不是很大，患病后无需过度紧张。患者平时需尽量穿宽松衣物，减少对色素痣的刺激，降低色素痣恶变的风险。
2、皮下瘀血
如果患者局部皮肤黏膜受到外力撞击摩擦，引起皮下微血管受损破裂，造成少量血液瘀滞在皮下，与氧气结合以后会使血液颜色变黑，从而导致皮下有黑点长在肉里。
患者一般不用采取特殊处理，瘀血会逐渐自行消散。平时也可以使用热毛巾进行热敷，能够促进瘀血消散。在生活中应该注意个人防护，防止受伤。注意血液系统疾病患者也可能会出现皮下瘀血的情况，患者需完善相关检查，排除此类疾病，防止造成不良后果。
3、跖疣
跖疣主要是感染人乳头瘤病毒所致，可通过皮肤的微小破损传染。皮损部位会呈圆形乳头状角质增生，周围有增厚角质环，其下有毛细血管破裂外渗凝固所形成的小黑点，可表现为皮下有黑点长在肉里。
患者可以外用水杨酸溶液或贴剂促进表皮剥脱，还可以使用维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏等药物治疗。对于较小的跖疣，可以采取物理治疗，比如冷冻疗法、电灼疗法以及激光治疗等，能够将跖疣去除。治疗后需要保持患处干燥，穿宽松透气的鞋袜。此病发展缓慢，经过上述处理后皮损可消失，但是仍然有复发的可能性。患者日常需注意保护足部，以降低疾病复发的概率。
