月经干净后三天又来可能是排卵期出血、功能性子宫出血、子宫肌瘤、子宫内膜息肉等原因导致，也可能是其他因素引起，需就医明确并治疗。
月经干净后三天又来，可能是以下原因导致：
1.排卵期出血：如果月经周期规律，在两次月经中间，即排卵期，由于雌激素水平短暂下降，使子宫内膜失去激素的支持而出现部分子宫内膜脱落引起有规律性的阴道出血，称为排卵期出血。出血量少，有的仅为咖啡色分泌物，一般2—3天可自行停止，最长7天。
2.功能性子宫出血：简称功血，是一种常见的妇科疾病，是指异常的子宫出血，经诊查后未发现有全身及生殖器官器质性病变，而是由于神经内分泌系统功能失调所致。表现为月经周期不规律、经量过多、经期延长或不规则出血。
3.子宫肌瘤：尤其子宫的黏膜下肌瘤，因为其表面覆盖着子宫内膜，增加了子宫内膜面积，导致激素分泌异常，使得月经周期缩短、经量增多、经期延长、不规则阴道流血等。
4.子宫内膜息肉：是由子宫内膜局部过度增生所致，表现为突出于子宫腔内的单个或多个光滑肿物，蒂长短不一。息肉可引起不规则阴道流血、白带增多、腹痛等。
5.其他：子宫内膜异位症、节育环、妇科炎症等也可能导致月经干净后又来。
如果出现月经干净后三天又来的情况，建议及时就医，进行相关检查，如B超、性激素六项等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，要注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持心情舒畅，注意个人卫生。
对于青春期和围绝经期的女性，如果出现月经异常，应及时就医，排除器质性病变。此外，有性生活的女性，在出现月经异常时，应首先排除怀孕相关的问题，如先兆流产、宫外孕等。
总之，月经干净后三天又来是一种异常的阴道出血，需要引起重视，及时就医，以便明确原因，采取相应的治疗措施。
