小肚子疼一般是指下腹痛，可能是由于肠炎、胃肠功能紊乱、肠梗阻、急性阑尾炎、腹膜炎、输尿管结石等多种疾病造成的，药物副作用或是局部外伤也可能会造成下腹痛，需要根据原因进行针对性的治疗。
感染性肠炎患者需要进行抗感染治疗，可根据药敏试验结果选择敏感的抗生素治疗，常用的有头孢类、大环内酯类等。炎症性肠病患者可用免疫抑制剂进行治疗，疼痛严重者可给予解痉药抑制肠道蠕动，减轻疼痛。如果引起严重的并发症，内科保守治疗无效，也可以行手术治疗，切除病变的肠道组织。
该病主要使用药物进行治疗，可以在医生指导下使用促进胃动力药物、肠道益生菌制剂进行治疗，改善胃肠功能，同时使用解痉药调节肠道运动，缓解下腹痛。
急性期需要及时用胃管引出肠道内的液体和气体进行胃肠减压，缓解不适症状。之后根据患者情况选择合适的方法进行手术治疗，包括开腹手术和腹腔镜手术，在最短的时间内解除梗阻恢复肠道通畅。如果患者有水电解质紊乱的现象，还可给予生理盐水、氯化钾注射液、葡萄糖注射液等药物，纠正水电解质紊乱、酸碱失衡的症状。
急性阑尾炎的主要治疗方式是手术治疗，包括腹腔镜手术、开腹手术等方法。如果有手术禁忌症或是身体虚弱不耐受手术，可以暂时进行保守治疗，使用青霉素类、头孢类、氨基糖苷类抗生素控制炎症，改善疼痛症状。
腹膜炎急性发作时要注意让患者保持半卧位，并给予禁食、胃肠减压等措施，避免病情继续加重。如果是由于细菌感染引起的，可给予头孢类、硝基咪唑类抗生素控制炎症，真菌感染引起的可使用咪唑类抗真菌药物治疗。如果是由于局部脏器坏死引起的，比如胆囊炎、肠穿孔等，建议及时行手术治疗，切除病灶。
该病患者可在医生指导下使用解痉药、非甾体类抗炎药、阿片类镇痛药等药物缓解疼痛的症状，还可以促进较小的结石排出。如果疼痛不能缓解或结石直径超过6毫米，可通过体外冲击波碎石、输尿管镜碎石、经皮肾镜取石等方法进行治疗，取出结石。
口服多种药物都可能会引起下腹痛，比如氯丙嗪、苯海拉明、阿奇霉素等，在医生指导下停药或更换药物，一般就可缓解。
无皮损者可进行冷热敷改善疼痛，还可以使用活血止痛的药物治疗。有皮损者要使用外用消毒剂消毒，避免感染，如果创口较大还需要进行清创、缝合、包扎，并定期换药。
