12岁男孩跑步后膝盖疼可能是正常的生理现象，也可能是疾病引起，如生长痛、滑膜炎、半月板损伤等，若疼痛持续时间较长、程度较重、影响活动或伴有其他症状，应及时就医。在等待就医期间，可采取休息、冷敷、热敷、按摩、佩戴护膝等措施缓解疼痛。
根据所给信息，12岁男孩跑步后膝盖疼，可能是正常的生理现象，也可能是某些疾病的表现。以下是一些可能的原因和建议：
生长痛：在生长发育过程中，骨骼生长迅速，肌肉和韧带的生长相对较慢，容易导致牵拉痛。这种疼痛通常发生在夜间或休息时，不影响活动，几天后会自行缓解。
滑膜炎：滑膜是关节囊的内层结构，能分泌滑液，减少关节面之间的摩擦。如果滑膜受到炎症刺激，就会导致滑膜炎，引起膝盖疼痛。滑膜炎可由感染、创伤、过度使用等原因引起。
半月板损伤：半月板是位于膝关节内的纤维软骨垫，具有缓冲和稳定膝关节的作用。半月板损伤后，会出现膝关节疼痛、肿胀、弹响等症状。
骨骺炎：骨骺是长骨两端的软骨结构，在生长发育过程中，骨骺会逐渐骨化，与骨干融合。如果骨骺受到损伤或感染，就会导致骨骺炎，引起疼痛和肿胀。
其他：髌骨软化症、韧带损伤、关节炎等也可能导致膝关节疼痛。
如果孩子的疼痛持续时间较长、程度较重、影响活动或伴有其他症状，如发热、肿胀、畸形等，应及时就医，进行详细的检查和诊断。医生可能会建议进行X光、CT、磁共振成像（MRI）等检查，以确定疼痛的原因。
在等待就医期间，可以采取以下措施缓解孩子的疼痛：
休息：避免剧烈运动，让膝关节得到充分的休息。
冷敷：用冰袋或冷毛巾敷在膝盖上，每次15-20分钟，每天数次。冷敷可以减轻炎症和疼痛。
热敷：用热水袋或热毛巾敷在膝盖上，每次15-20分钟，每天数次。热敷可以促进血液循环，缓解肌肉紧张。
按摩：轻轻按摩膝盖周围的肌肉，缓解肌肉紧张和疼痛。
佩戴护膝：佩戴合适的护膝，可以提供支撑和保护，减轻膝关节的压力。
需要注意的是，以上建议仅供参考。如果孩子的症状持续不缓解或加重，应及时就医，以便明确诊断并采取相应的治疗措施。同时，家长应注意观察孩子的病情变化，如有异常应及时告知医生。
