胎停育的原因包括染色体异常、内分泌失调、免疫因素、子宫异常、环境因素等。
1.染色体异常
染色体异常是导致胎停育的最常见原因之一。无论是精子还是卵子，只要携带基因遗传物质的染色体发生了异常，即使形成了受精卵，胚胎也不会正常发育。
2.内分泌失调
胚胎着床及继续发育依赖于复杂的内分泌系统彼此协调，任何一个环节失常，都可致流产。胚胎早期发育的时候，需要三个重要的激素水平，一个是雌激素，一个是孕激素，一个是人绒毛膜促性腺激素，作为母体来讲，自身的内源性激素不足，就满足不了胚胎的需要，就有可能造成胚胎的停育和流产。其中最常见的是黄体功能不良，黄体功能不全可造成子宫内膜发育迟缓和黄体期短，从而影响受精卵的种植，或早期妊娠流产。
3.免疫因素
妊娠宫内的胚胎或胎儿实属同种异体移植，因为胎儿是父母的遗传物质的结合体和母体不可能完全相同。母一胎间的免疫不适应而引起母体对胎儿的排斥。常见的自身免疫疾病为系统性红斑狼疮、硬皮病、混合性结缔组织病、皮肌炎等。其二是生殖免疫的问题，如果我们自身带某种抗体，就有可能影响胚胎的发育。
4.子宫异常
子宫里的内环境和子宫整体的环境都有可能对胚胎有影响。内环境就是子宫内膜，如果太薄、太厚都会影响着床。由于子宫缺陷引起的胎停育约占10%~15%，主要包括子宫纵隔、子宫发育不良、双子宫、子宫黏膜下肌瘤、子宫内膜息肉及宫腔粘连等。
5.环境因素
较多的化学物质、物理因素可直接或间接对胚胎或胎儿造成损害。造成胎停育的环境因素包括大量吸烟、饮酒、接触化学性毒物、严重的噪声和震动、情绪异常激动、高温环境等。
