半夜两三点钟醒可能是由生理性因素导致的，也可能是由神经衰弱、抑郁症等疾病导致的，是否出现身体问题需要分情况来看。
1.生理性因素
年龄较大的老年人，睡眠时间较短；没吃晚饭或是晚饭吃的较少等情况，会导致夜里饥饿；睡前吃的过饱，可能会导致腹部出现胀满不适的感觉；妊娠或更年期等时期，体内激素水平生理性异常，可能会导致出汗、潮热等症状，造成睡眠时感受不适，这些因素会影响到睡眠，导致出现半夜两三点钟醒的情况，一般身体可能处于正常情况。
2.十二指肠溃疡
十二指肠溃疡是由胃酸和胃蛋白酶自我消化、幽门螺杆菌感染、药物副作用、遗传等因素导致，应激、长期饮酒吸烟、精神紧张、进食不规律等情况也可能诱发十二指肠溃疡，这些因素导致十二指肠黏膜受损，无法抵御胃液的消化腐蚀，形成局部炎症，十二指肠溃疡典型发作症状为空腹时上腹部出现疼痛，半夜两三点多为空腹状态，患有十二指肠溃疡的患者可能会出现疼痛症状，疼痛会影响患者睡眠，所以半夜两三点钟醒可能是由十二指肠溃疡导致的，提示身体处于异常情况，需要及时治疗，以免发生穿孔情况。
3.抑郁症
抑郁症病因尚不明确，可能是与遗传因素、神经生化因素、心理社会因素等因素密切相关，应激性生活事件、悲观的人格特质、患有精神病史、严重慢性病、酗酒、滥用药物等情况也可能会诱发抑郁症，抑郁症会导致患者出现心烦、担心、紧张、胡思乱想等焦虑症状，严重抑郁患者可能会出现幻觉、妄想等精神病性症状，会导致患者出现入睡困难和早醒等睡眠障碍，所以半夜两三点钟醒可能是由抑郁症导致的，抑郁症也会导致患者身体出现问题。
