菌阴肺结核的诊断标准包括典型肺结核症状、胸部X线表现、抗结核治疗有效、排除其他非结核性肺部疾患、PPD试验或血清抗结核抗体阳性、痰涂片和培养阴性、肺外组织病理或其他部位检出抗酸分枝杆菌、支气管或肺部组织病理证实结核病变。
菌阴肺结核是指肺结核患者在痰液涂片和培养阴性的情况下，胸部影像学检查却显示肺部存在结核病变。菌阴肺结核的诊断标准如下：
典型肺结核临床症状和胸部X线表现。
抗结核治疗有效。
临床可排除其他非结核性肺部疾患。
PPD（结核菌素纯蛋白衍生物）试验阳性，血清抗结核抗体阳性。
痰涂片、培养阴性，肺外组织病理证实为结核病变。
支气管肺泡灌洗（BAL）液中检出抗酸分枝杆菌。
支气管或肺部组织病理证实结核病变。
需要注意的是，菌阴肺结核的诊断需要综合考虑临床表现、影像学检查、实验室检查等多个方面。对于疑似菌阴肺结核的患者，需要进行进一步的检查和诊断，以明确诊断。同时，在诊断过程中需要注意排除其他非结核性肺部疾病的可能，如肺炎、肺癌等。
此外，对于高危人群，如结核病患者的密切接触者、免疫力低下者、HIV感染者等，应定期进行结核病筛查，以便早发现、早诊断、早治疗。同时，肺结核患者在治疗过程中需要遵循医嘱，按时服药，注意休息，避免传染他人。
