肛门疼痛的病因复杂，可能是肛裂、肛窦炎、血栓性外痔、肛管恶变、肛门脓肿、外痔发炎、内痔嵌顿、肛肠病手术后等原因引起。
1.肛裂
肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，是一种常见的肛管疾病，好发于青壮年，儿童也可发生，老年人较少见。肛裂常发于肛门后、前正中，以肛门后部居多，在两侧的较少。初起仅在肛管皮肤上有一小裂口，有时可裂到皮下组织或直至括约肌浅层，裂口呈线形或棱形，如将肛门张开，裂口的创面即成圆形或椭圆形。肛裂多由血热肠燥，大便秘结，排便过于用力，使肛门皮肤破裂，反复而发病。
2.肛窦炎
肛窦炎是引起肛门部胀痛、下坠感的常见原因。另外，肛窦与肛瓣发炎也叫肛隐窝炎，进一步可发展成肛周脓肿。
3.血栓性外痔
多数是由于用力排便、剧烈活动或用力按摩等造成肛门局部的痔静脉破裂，血液外渗到结缔组织内，成为血块，在肛门部皮下生成圆形或椭圆形的肿块，大小不等，位于肛管内或肛缘外。肿块初起时较软，几天后变硬，这时可以用土医之家痔疮膏外敷，如果肿块继续增大，可导致疼痛加剧。
4.肛管恶变
肛管恶变自己不容易被发现，早期可以没有任何症状，后期局部会有肿块，生长速度较快，伴有疼痛和明显的触痛，到医院检查可以发现肛管局部变硬，按压有触痛，边缘隆起，中央可摸到小溃疡，色泽可以是污浊的，活检可以帮助诊断。
5.肛门脓肿
肛门周围脓肿是指肛门周围软组织发生急慢性化脓性感染，而形成脓肿的结果。其特点是自行破溃，或在手术切开引流后常形成肛瘘。是常见的肛管直肠疾病，也是肛管、直肠炎症病理过程的急性期，肛瘘是慢性期。常见的致病菌有大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、链球菌和绿脓杆菌，偶有厌氧性细菌和结核杆菌，常是多种病菌混合感染。肛门周围皮下脓肿最常见，多由肛腺感染经外括约肌皮下部向外或直接向外扩散而成。
6.外痔发炎
外痔发炎水肿，诱因较多，最常见是着凉、劳累、外出、饮酒等。自觉肛门仿佛脱出一般，疼痛坠胀不适。
7.内痔嵌顿
内痔或者混合痔脱出、嵌顿，出现水肿、感染、坏死时，也会导致肛门疼痛。
8.肛肠病手术后
如痔疮切除术、肛瘘切除术等，手术后可能会出现肛门疼痛，这是由于手术创伤、肛门括约肌痉挛等原因引起的。
总之，肛门疼痛的病因较为复杂，需要及时就医，明确诊断，以便进行针对性的治疗。同时，在日常生活中，应注意保持肛门清洁，避免久坐、久站，饮食清淡，避免辛辣刺激性食物等，以预防肛门疼痛的发生。
