坐时间长了肛门痛可能与痔疮、肛窦炎或肛裂等疾病有关，针对这些病因可采取一般治疗、药物治疗以及手术治疗等。
1、痔疮
痔疮是由于肛管或直肠下端静脉充血、肿大所导致的，长时间久坐会导致肛门局部血液回流不畅，从而加剧痔疮的形成，导致肛门疼痛。
患者应改善自身生活饮食习惯及排便习惯，适当多吃粗纤维食物，多喝水、多运动，避免久蹲厕所，定时排便。疼痛明显时，可遵医嘱选择痔疮膏、痔疮栓等药物进行治疗，以缓解症状。必要时，还可选择手术治疗，比如痔切除术、PPH手术等。
2、肛窦炎
肛窦炎是发生在肛窦、肛门瓣部位的炎症，长时间久坐会压迫局部神经，从而引发肛门疼痛。
患者应保持肛门及肛周皮肤清洁、干燥，避免刺激性食物，并遵医嘱选择抗生素进行抗感染治疗，常用药物有甲硝唑、罗红霉素以及阿奇霉素等。必要时，可给予肛窦切开引流术治疗。
3、肛裂
肛裂是肛管皮肤裂开形成的一种小溃疡，本身就可引起疼痛，而长时间久坐可能会导致对患处造成压迫，加重疼痛。
平时保持大便通畅，增加多纤维食物和改变大便习惯，逐步纠正便秘的发生。其次，可遵医嘱选择含有硝酸甘油、利多卡因以及硝苯地平等成分的药物治疗，以缓解不适。必要时，可给予手术治疗，比如肛门皮瓣技术、肛门内括约肌切断术等。
