肛门上长肉疙瘩并伴有疼痛，可能是外痔、内痔、混合痔、肛裂、肛周脓肿、肛乳头瘤等肛肠疾病引起，也可能是肛管或直肠的其他疾病，具体病因需就医检查后确定。
1.外痔
外痔是肛门齿状线以下的皮下静脉丛扩大、曲张所形成的柔软静脉团，常见于久坐、久站、便秘、腹泻、长期饮酒或进食大量刺激性食物的人群。外痔通常在肛门外可见肉疙瘩，伴有疼痛、瘙痒、便血等症状。
2.内痔
内痔是发生在肛管齿状线以上的痔疮，早期一般无明显症状，随着痔核逐渐增大，可能会出现便血、内痔脱出、肛门瘙痒、疼痛等症状。
3.混合痔
混合痔是内痔和外痔同时存在的情况，兼具内痔和外痔的症状。
4.肛裂
肛裂是肛管皮肤的全层裂伤后形成的慢性溃疡，典型表现为肛门疼痛、便血、便秘等。肛门裂口处的哨兵痔可形成肉疙瘩。
5.肛周脓肿
肛周脓肿是肛管直肠周围间隙发生的急慢性感染而形成的脓肿，表现为肛门周围红肿、疼痛、发热等，脓肿形成后可触及肉疙瘩。
6.肛乳头瘤
肛乳头瘤是肛乳头因粪便和慢性炎症的长期刺激增大变硬，是肛门直肠常见的良性肿瘤之一。肛乳头瘤一般无明显症状，当瘤体较大时，可随排便脱出肛门外，伴有肛门瘙痒、疼痛等症状。
7.其他
肛门上长肉疙瘩并伴有疼痛还可能是肛管或直肠的其他疾病，如直肠息肉、肛管癌等。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体情况需要结合患者的症状、体征、实验室检查等综合判断。如果出现肛门上长肉疙瘩并伴有疼痛的症状，建议及时就医，明确诊断，以便采取相应的治疗措施。
对于特殊人群，如孕妇、儿童、老年人等，由于身体状况的特殊性，肛肠疾病的症状和治疗可能会有所不同。在治疗前，应咨询医生的建议，选择适合的治疗方法。同时，保持良好的生活习惯，如定时排便、避免久坐久站、饮食清淡等，有助于预防肛肠疾病的发生。
