慢性肾盂肾炎的鉴别诊断需要考虑肾、输尿管积水，肾小球肾炎，肾小管间质性肾炎以及其他感染性疾病等，综合患者症状、检查结果等，必要时进行肾活检以明确诊断。
1.肾、输尿管积水
先天性肾、输尿管畸形，结石、肿瘤、炎症或外来压迫等原因引起的尿路梗阻，导致肾盂、肾盏扩张积水，需要与慢性肾盂肾炎引起的肾脏形态改变相鉴别。可行静脉肾盂造影、逆行肾盂造影、B超、CT等检查明确诊断。
2.肾小球肾炎
肾小球肾炎多发生于链球菌感染后，表现为蛋白尿、血尿、水肿、高血压等，部分患者可伴有不同程度的肾功能损害。与慢性肾盂肾炎的鉴别需要依靠临床症状、实验室检查和肾脏病理检查等综合判断。
3.肾小管间质性肾炎
药物过敏、感染、中毒、自身免疫性疾病等原因可导致肾小管间质性肾炎，主要表现为肾小管功能障碍，如尿比重和渗透压降低、夜尿增多、肾小管性蛋白尿等，部分患者可伴有Fanconi综合征。与慢性肾盂肾炎的鉴别主要依靠肾小管功能检查和肾脏病理检查。
4.其他感染性疾病
如肾结核、丝虫病等也可引起肾脏炎症和纤维化，需要与慢性肾盂肾炎进行鉴别。肾结核常有尿频、尿急、尿痛等尿路刺激症状，尿沉渣涂片可找到抗酸杆菌，结核菌素试验或结核菌培养阳性；丝虫病多有丝虫感染史，常表现为下肢淋巴管炎、精索炎、鞘膜积液等，血中可找到微丝蚴。
总之，慢性肾盂肾炎的鉴别诊断需要综合考虑患者的临床表现、实验室检查和影像学结果等，必要时可能需要进行肾活检等进一步检查，以明确诊断，避免误诊误治。
