来月经只有褐色分泌物可能与早发性卵巢功能不全、多囊卵巢综合征或宫腔粘连等疾病有关，要根据情况进行处理。
早发性卵巢功能不全可能与染色体异常、自身免疫性疾病、医源性损伤或病毒感染等因素有关，患者会出现月经异常、月经量减少、月经稀发等症状，可表现为来月经只有褐色分泌物的现象。患者可以在医生的指导下使用雌激素药物、孕激素药物或雌、孕激素复方制剂进行治疗，改善病情，如果伴有骨密度下降，患者可以服用碳酸钙片、葡萄糖酸钙口服溶液或维生素D软胶囊等药物治疗。
多囊卵巢综合征可能与遗传因素、环境因素有关，导致内分泌代谢异常，患者可能会出现月经稀发、经量减少、多毛、痤疮等症状，表现为来月经只有褐色分泌物的现象。患者可以在医生的指导下使用醋酸甲羟孕酮片、黄体酮胶囊或复方炔诺酮片等药物调节月经周期，还可以使用地塞米松注射液、醋酸环丙孕酮片或螺内酯片等药物降低雄激素水平，改善多毛、痤疮等症状。如果有生育要求，患者可以使用枸橼酸氯米芬胶囊、来曲唑片或注射用尿促性腺激素等药物促进排卵。
宫腔粘连可能与子宫内膜创伤、宫内感染、低雌激素水平、遗传因素或子宫先天畸形等因素有关，由于子宫粘连，经血流出不畅，会出现来月经只有褐色分泌物的症状。患者可以进行手术治疗，采用宫腔镜下宫腔粘连切除术保留正常的子宫内膜，促进月经恢复。患者还可以选择宫内放置节育器、球囊扩张法或扩宫棒定期扩宫，预防宫腔再次粘连。
