一般而言，羊水穿刺的准确率更高。
羊水穿刺是胎儿染色体疾病产前诊断的“金标准”。它是通过有创的方式，抽取羊水进行胎儿细胞培养和染色体核型分析，能明确诊断胎儿染色体是否存在异常，准确率接近100%。
无创DNA检测则是通过抽取孕妇外周血，利用基因测序等技术对母血中胎儿游离DNA进行分析，主要针对21-三体综合征、18-三体综合征和13-三体综合征等常见染色体非整倍体异常进行检测，准确率较高，但仍存在一定的假阳性和假阴性。虽然其准确性相对较高，但相比羊水穿刺还是略逊一筹。
然而，羊水穿刺是有创检查，存在一定的流产、感染等风险，尽管这种风险较低，但也让一些孕妇有所顾虑。而无创DNA检测具有无创性的优势，对孕妇和胎儿的风险极小。
在实际应用中，医生通常会根据孕妇的具体情况，如年龄、唐筛结果、超声检查结果等，综合评估来选择合适的检测方法。如果孕妇存在高危因素，如年龄较大、唐筛高风险等，可能更倾向于建议进行羊水穿刺以获得最准确的结果。但如果孕妇不适合或非常担心羊水穿刺的风险，无创DNA检测也可以作为一种重要的筛查手段。
羊水穿刺准确率最高，但有创；无创DNA准确率也较高且无创。具体选择应根据个体情况在医生指导下进行权衡和决策。
