消化不良可能是胃的问题，也可能是肠的问题，甚至可能是其他器官或全身性因素导致的。
从胃的角度来看，胃的功能异常可能引发消化不良。比如，当胃的运动功能减弱时，胃不能有效地将食物研磨和推送进入肠道，食物在胃内停留时间过长，就容易出现早饱、腹胀等消化不良症状。此外，胃酸分泌异常，过多或过少，也可能影响食物的消化和分解，进而导致消化不良。
从肠的角度而言，肠道的消化吸收功能如果出现障碍，也会导致消化不良。例如，肠道菌群失调，有益菌减少而有害菌增多，会影响肠道对食物的正常消化和吸收过程，引起腹胀、腹泻等消化不良表现。再者，肠道的蠕动过快或过慢，同样会干扰食物在肠道内的传输和消化，造成消化不良症状。
然而，除了胃和肠，其他因素也不容忽视。一些肝胆疾病，如胆囊炎、胆结石、肝炎等，会影响胆汁的分泌和排泄，而胆汁对于脂肪的消化起着关键作用，胆汁异常可导致脂肪消化不完全，从而引发消化不良。胰腺疾病如胰腺炎，导致胰酶分泌不足，也会影响食物中蛋白质、脂肪和碳水化合物的消化，引起消化不良。此外，全身性的疾病，如甲状腺功能减退，由于机体代谢减慢，也可能出现消化不良的症状。精神心理因素，如长期的焦虑、抑郁等情绪问题，可能通过影响神经系统对胃肠功能的调控，导致消化不良。
