肝隐隐作痛可能是肝炎、肝硬化、肝内胆管结石等疾病引起的，可根据不同的疾病进行对因治疗。
肝炎患者在多种致病因素的作用下，导致肝脏充血、肿大，从而在右上腹出现隐痛。人体受到肝炎病毒的感染时，病毒会进入肝脏，使细胞凋亡，从而引起肝炎的产生。当自身免疫系统遭到破坏时，致使机体免疫力降低，也可能诱发肝炎。肝炎还可能与酗酒、超重以及药物等因素有关。
2.肝硬化
治疗代偿期乙肝肝硬化可以使用抗病毒药物，比如恩替卡韦、替诺福韦等，可以有助于逆转肝纤维化和早期肝硬化。有腹水的患者可以联合使用利尿剂，比如螺内酯、呋塞米等，有助于效缓解腹水的症状。对于肝硬化终末期的患者，可以进行肝脏移植手术，有效缓解和恢复肝硬化症状极其相关并发症。日常生活中，肝硬化患者应限制饮酒，以免加重肝脏损伤。在不存在蛋白质禁忌症的情况下，饮食应以高蛋白、高维生素为主，比如鸡蛋、西红柿等，使机体摄入充足的养分，有利于疾病的恢复，同时饮食中应减少钠的摄入，以免加重腹水和下肢水肿的症状。
患有肝内胆管结石时，结石可能会刺激胆囊壁或者在胆囊壁发生梗阻，从而诱发炎症反应，出现上腹隐痛的症状。发生胆道感染时，胆红素钙在肝内胆管中可与胆汁中的其他物质相结合，从而形成结石。肝内胆管结石还可能与胆道蛔虫、胆汁淤积、胆道畸形或者病变等因素有关。
对不伴发胆管狭窄的肝内胆管结石以及手术风险高、反复发作的患者，可以通过经皮胆管镜治疗或者经过经内镜逆行胰胆管造影方式，取出肝胆管内管中的结石。目前还没有能够消除肝内胆管结石的药物，临床上以手术治疗为主，常用的手术治疗方式有肝切除术、胆管切开取石术、胆管整形胆肠吻合术等。当患者无法用常规手术进行治疗，且伴有门静脉高压、胆汁性肝硬化终末期时，可采用肝移植术。
