早上咳出褐色块状痰可能是由于牙龈出血、慢性咽炎、支气管扩张、肺脓肿、食管癌、肺部肿瘤等原因引起，具体处理措施根据病因进行分析。
由于口腔卫生不佳导致牙龈炎，引起牙龈出血症状，且出血量较少，在夜间时倒回流气道，导致出现早上咳出褐色块状痰。患者应积极治疗原发病，可行超声波洁治术去除牙龈上结石，恢复口腔健康，牙龈出血情况也会慢慢消失。
患者因慢性咽炎导致咽喉部充血时，因咽喉部血管表浅，在用力咳嗽或吃了坚硬刺激性食物时，导致咽喉部毛细血管破裂，血液与痰液结合，并在咽喉部内存在较长时间，会咳出褐色块状痰。患者可口服利咽灵片或双黄连口服液缓解咽部充血症状。患者平时多饮水，清淡饮食，避免食用辛辣刺激、坚硬的食物，适当锻炼身体，增强抵抗力，促进炎症恢复。
患者由于呼吸道疾病迁延不愈，肺部防御机制受损引起支气管扩张，当支气管扩张感染症状加重时，会出现咯血症状，同时血液较长时间处于气道，导致出现早上咳出褐色块状痰的现象。患者可使用盐酸环丙沙星片或盐酸左氧氟沙星片控制感染。同时，还可使用雾化吸入疗法，例如生理盐水、吸入用乙酰半胱氨酸溶液促进痰液排出。若患者出现咯血症状，可使用酚磺乙胺注射液、氨甲苯酸注射液等药物止血治疗。
由于全身抵抗力降低时会引发细菌感染从而导致肺脓肿，当感染不能及时控制，脓肿破溃，内容物进入支气管，部分患者会出现痰中带血的症状，同时，血液出现氧化，导致褐色块状痰现象。患者可使用盐酸林可霉素注射液或甲硝唑氯化钠注射液等药物抗菌治疗。患者平日应进食高维生素、高营养饮食，提高自身免疫力，增强抗病能力。
可能由于肿瘤侵犯食管局部黏膜，局部黏膜出血，与吞咽到食管内的唾液相结合，血液氧化颜色变暗，由于病灶侵犯局部神经，引起咳嗽，会咳出褐色块状痰。患者可积极的抗肿瘤治疗，可选择手术治疗，例如食管胃切除术也可选择放疗或化疗等方式延缓患者生存期。患者若出血较多可使用醋酸奥曲肽注射液或注射用生长抑素等药物止血治疗。
由于肺部肿瘤长大后破坏了气管和支气管，在受到外界刺激例如咳嗽时，肿瘤表面破裂出血，与气管或支气管分泌物结合在一起，痰中带血，当长时间淤积在肺部时，血液颜色就会变成褐色。患者可选择肺叶切除术或全肺切除术等手术方式进行治疗，也可放疗联合化疗缓解患者症状。
