慢性结肠炎没有特效方法，主要通过药物（如柳氮磺胺吡啶水杨酸制剂、皮质类固醇、免疫抑制剂、抗生素、对症治疗、中药肠胃速康方）和饮食（食用柔软、易消化、富有营养和足够热量的食物，避免生、冷、油腻及多纤维素的食物）缓解症状，同时患者需注意劳逸结合，避免过度劳累。
慢性结肠炎是一种慢性、反复性、多发性以结肠、乙状结肠和直肠为发病部位。指直肠结肠因各种致病原因导致肠道的炎性水肿，溃疡、出血病变。症状为左下腹疼、腹泻、里急后重、时便下沾液、便秘或泄泻交替性发生、时好时坏，缠绵下断、反复发作。目前，慢性结肠炎没有特效方法，但是可通过药物治疗帮助缓解症状，不同类型的慢性结肠炎用药也有所不同。
溃疡性结肠炎：柳氮磺胺吡啶水杨酸制剂是主要治疗药物，如艾迪莎、美沙拉嗪等。皮质类固醇常用药为强的松或地塞米松，但目前并不认为长期激素维持治疗可防止复发。
其他免疫抑制剂：在溃疡性结肠炎、慢性肾炎中应用较多。
抗生素：对暴发型及重型者为了控制继发感染，可用氨苄青霉素、灭滴灵等治疗。
对症治疗：若有贫血、营养不良等并发症时，予以对症处理。
中药：肠胃速康方。中药治本，对身体无任何副作用。
除了药物治疗，患者在饮食上需要特别注意，应食用柔软、易消化、富有营养和足够热量的食物。宜少量多餐，补充多种维生素。勿食生、冷、油腻及多纤维素的食物。注意食品卫生，避免肠道感染诱发或加重本病。忌烟酒、辛辣食品、牛奶和乳制品。
此外，患者还需注意劳逸结合，不可太过劳累；暴发型、急性发作和严重慢性型患者，应卧床休息。
