肛瘘的原因主要有感染、肛周脓肿、肛裂、会阴部手术、溃疡性结肠炎、克罗恩病、直肠肛管损伤、恶性肿瘤、免疫功能低下及其他，肛瘘很难自愈，必须手术治疗，手术方式应根据瘘管与肛门括约肌的关系选择。
肛瘘是肛管或直肠与肛周皮肤相通的肉芽肿性管道，由内口、瘘管、外口三部分组成。肛瘘的原因主要有以下几点：
1.感染：肛管直肠周围脓肿破溃或切开引流后，形成肛瘘。
2.肛周脓肿：直肠肛管周围脓肿是引起肛瘘的主要原因。
3.肛裂：肛裂反复感染可并发皮下瘘。
4.会阴部手术：会阴部手术，如内痔注射、外痔切除术等，可因操作不当或术后感染而引起肛瘘。
5.溃疡性结肠炎：并发肛瘘多为上行感染，常因免疫功能低下，同时合并肛隐窝炎、肛乳头炎导致。
6.克罗恩病：与肛瘘关系密切，常同时存在，多为复杂性肛瘘。
7.直肠肛管损伤：外伤、吞咽金属异物等可损伤肛管直肠，细菌经损伤处进入，引起感染，形成肛瘘。
8.恶性肿瘤：肛管或直肠的癌肿可溃破或波及深部的组织，引起肛瘘。
9.免疫功能低下：如艾滋病、白血病、再生障碍性贫血等，因机体免疫功能下降，容易并发肛瘘。
10.其他：如结核、克隆病、溃疡性直肠炎等，也可并发肛瘘。
肛瘘一旦形成，很难自愈，必须手术治疗。手术治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。手术方式很多，手术应根据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。
