两个眼睛大小不一样可能是由于左右脸不对称、术后感染、面神经麻痹、重症肌无力等原因所致，需要根据病因进行针对性措施，具体如下：
多数人的左右脸通常是不对称的，这也会造成两侧的眼睛发育不协调，致使眼睛大小不一样。若两侧眼睛大小不等较轻，通常不需要特殊治疗，若情况较重，严重影响美观，届时可通过双眼皮手术、开眼角手术等方式改善症状。
部分双眼皮术后患者由于感染导致眼睛局部肿胀，从而造成视觉上的大小不一样。术后感染严重者需要在医生指导下应用注射用头孢他啶、注射用头孢西丁钠、注射用哌拉西林钠他唑巴坦钠等抗生素药物促进恢复，拆线时间亦需要适当延迟，待肿胀消退后，多数症状可逐渐恢复。
面神经麻痹严重时亦可导致单侧面肌无力，致使两侧眼睛大小不等。针对面神经麻痹，可在医生指导下应用醋酸地塞米松片、地塞米松磷酸钠注射液、醋酸泼尼松龙注射液等糖皮质激素治疗。严重面肌无力或完全性面瘫者还需要应用阿昔洛韦片、盐酸伐昔洛韦片、盐酸伐昔洛韦颗粒等抗病毒药物治疗。同时可应用维生素B1片、甲钴胺片、甲钴胺注射液等营养神经药物促进恢复，部分症状严重者可考虑手术治疗，手术方式以面神经减压术为主。
重症肌无力早期便可引起单侧眼睑下垂，视觉上呈现双眼大小不等。重症肌无力早期可应用溴吡斯的明片、氢溴酸加兰他敏片、甲硫酸新斯的明注射液等抗胆碱酯酶药物，但用药后可能会引发恶心、呕吐、腹泻等不良反应。部分患者还可应用硫唑嘌呤片、他克莫司胶囊、复方环磷酰胺片等免疫抑制药物改善症状。胸腺瘤所致的重症肌无力，还需尽早行胸腺切除术治疗。
术后感染患者饮食上需避免摄入过多刺激性食物，以免影响伤口恢复。而面神经麻痹者则需避免面部长期受冷风刺激，闭眼不全者还需对眼部进行定期护理，进食困难者必要时需要进行肠内营养。严重重症肌无力者还需要定期翻身以预防压疮，恢复期需要避免使用四环素片、注射用硫酸链霉素、硫酸庆大霉素注射液等抗生素药物，以免加剧症状。
