在临床上绝大多数的间质瘤可以获得治愈。因为间质瘤顾名思义是间质来源的肿瘤，是一种具有潜在恶性的交界性肿瘤。也就是绝大多数患者可以表现为良性或者低度恶性，少数患者因为分化程度比较差，而表现为高度恶性的有可能会出现术后的肿瘤转移与发。
所以目前在临床上，对于间质瘤的治疗通常是采用腔镜下间质瘤完整切除，绝大多数属于中低危的间质瘤，通过局部的手术切除配合术后的伊马替尼化疗，通常可以获得治愈。极少数高危组的间质瘤由于存在着术后肿瘤转移复发，或者是对伊马替尼效果不佳。有可能出现肿瘤复发转移而导致病人死亡。也就是绝大多数的间质瘤肿瘤比较小，分化程度比较好，可以获得治愈。
