月经不调的病因复杂，主要包括神经内分泌功能失调、卵巢问题、器质病变或药物、肥胖、妊娠以及其他因素等，全身性疾病也可能引发月经不调。
1.神经内分泌功能失调引起
主要是下丘脑-垂体-卵巢轴的功能不稳定或是有缺陷，即月经病。
2.卵巢问题引起
育龄期女性月经不调一般多是因为卵巢黄体功能不好，常表现为有周期，但是周期缩短，或者月经出血比较多。
3.器质病变或药物等引起
包括生殖器官局部的炎症、肿瘤及发育异常、营养不良；颅内疾患；其他内分泌功能失调如甲状腺、肾上腺皮质功能异常、糖尿病、席汉氏病等；肝脏疾患；血液疾患等。使用治疗精神病的药物；内分泌制剂或采取宫内节育器避孕者均可能发生月经不调。某些职业如长跑运动员容易出现闭经。此外，某些妊娠期异常出血也往往被误认为是月经不调。
4.肥胖引起
肥胖是由于摄入的热量多于人体所消耗的热量引起的，女性长期肥胖的结果将导致机体内分泌与新陈代谢失常而引起月经失调、月经稀发、闭经、功能性子宫出血。医学临床中时常会见到肥胖病人，月经延后、量少、闭经，甚至发生多囊卵巢综合征。
5.妊娠引起
怀孕、产后哺乳期月经不调属于正常生理现象，无需治疗。
6.其他
如精神紧张、环境改变、劳累、营养不良等也可引起月经不调。
需要注意的是，一些全身性疾病，如血液病、高血压、肝病、内分泌病、流产、宫外孕、葡萄胎、生殖道感染、肿瘤（如卵巢肿瘤、子宫肌瘤）等均可引起月经不调。因此，如果出现月经不调，应及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。
