厌氧菌在不同部位的感染有不同的临床表现，在中枢神经系统感染，可以表现为局灶性化脓性感染，如脑脓肿和硬膜下积脓常和厌氧菌感染有关，相反，由厌氧菌造成的硬膜外脓肿和脑膜炎却很少见。厌氧菌可以造成败血症和心内膜炎。在呼吸系统感染，多见的有上呼吸道感染和胸腔内感染，并可引发肺炎、肺脓肿、坏死性肺炎等疾病，正常肠道内含有大量厌氧菌，腹腔内感染常和肠道菌污染有关，因此具有厌氧菌分离率高，常为多种细菌的混合感染等特征，并可引发肝脓肿，胆道感染，阑尾炎，肠道感染等。几乎所有非性传播造成的女性生殖道感染，均包含了厌氧菌的感染，多见的致病菌包括消化链球菌，波费杆菌，产气荚膜杆菌。厌氧菌造成的尿路感染，包括尿道炎，尿道周围炎，尿道周围蜂窝织炎和脓肿，还可以造成前列腺炎，迁徙性肾脏感染，肾周脓肿，肾盂积脓，腹膜后积脓等表现。在皮肤和软组织感染常有腐臭分泌物，产气，广泛组织坏死，并有延伸至皮下组织和筋膜面形成窦道的倾向，多数是由于需氧菌和厌氧菌协同造成的。
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口腔厌氧菌感染的症状可能因个体差异而有所不同，常见的有口臭、牙龈出血、口腔溃疡、牙齿松动等，需及时就医，进行口腔检查和诊断，通常采用口腔清洁、药物治疗、治疗原发病和生活方式调整等方法治疗。口腔厌氧菌感染是一种常见的口腔疾病，其症状可能因个体差异而有所不同。
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