肝内胆管结石的原因包括胆道感染、胆汁淤滞、胆道寄生虫、营养不良等。
1.胆道感染
胆道感染是导致肝内胆管结石形成的重要因素。当胆道发生感染时，细菌（主要是肠道菌属，如大肠杆菌和厌氧性细菌）会进入胆道，导致胆道黏膜的炎症和损伤。这些炎症和损伤为结石的形成提供了附着基础，并促使结石不断增大、增多。同时，感染细菌产生的酶能使胆汁中的结合胆红素水解为非结合胆红素，与钙结合后易形成胆红素钙沉淀，进而逐渐发展成结石。
2.胆汁淤滞
胆汁淤滞是肝内胆管结石形成的必要条件，胆汁中的成分在淤滞条件下容易沉积并形成结石，胆汁淤滞可能由多种因素引起，如胆道狭窄、胆道解剖变异（如左肝管汇入肝总管所形成的弯曲度较大，导致胆汁流出不畅）等。这些因素都会导致胆汁在胆管内长时间滞留，从而增加结石形成的几率。
3.胆道寄生虫
胆道寄生虫感染也是肝内胆管结石的常见原因之一，像蛔虫等寄生虫进入胆道后，它们的尸体、虫卵等可作为核心，胆汁中的一些成分围绕其沉积，形成结石。同时，寄生虫活动还会损伤胆管壁，扰乱胆汁的正常流动，进一步促进结石的产生和发展。
4.营养不良
长期营养不良，特别是低蛋白饮食，会导致胆汁中的胆固醇、胆色素等物质含量过高，从而增加结石形成的风险，此外，环境因素和社会经济因素也被证实是肝内胆管结石的重要发病因素。这种疾病多发生在经济水平较差的农村地区，可能与当地居民的饮食习惯和生活条件有关。
