肌腺症可以得到有效的治疗，但难以完全治愈。
通过使用一些药物，如非甾体类抗炎药可以减轻疼痛，激素类药物可以调节激素水平，在一定程度上控制病情进展，缓解痛经、月经过多等症状。但药物治疗通常只是暂时的控制，不能从根本上消除肌腺症病灶。对于症状严重且药物治疗效果不佳的患者，手术可能是一种选择。如病灶切除术，能直接去除部分病灶，改善症状。全子宫切除术则可彻底消除子宫内的肌腺症问题，但这是较为激进的手段，会使患者丧失生育功能，且手术本身也存在一定风险和并发症。
采取一些保守性的手术方式，如子宫内膜去除术等，结合后续的药物治疗或其他辅助治疗手段，可以在一定程度上延缓病情复发，为患者提供相对较好的生活质量。但仍然无法保证肌腺症不再复发。
