三个月宝宝睡觉老摇头原因有神经系统发育、睡眠环境、缺钙、耳朵问题等，应针对原因进行处理。
1.神经系统发育
三个月的宝宝神经系统还在发育过程中，有时可能会出现一些自发的运动，包括摇头。
这种情况通常是正常的，随着宝宝的成长，会逐渐消失。密切观察宝宝的其他表现，如精神状态、食欲等，如有异常，及时就医。
2.睡眠环境
宝宝的睡眠环境可能不舒适，如床垫过硬、过软，枕头不合适等，也可能导致摇头。
建议选择适合宝宝的床垫和枕头，保证舒适。保持宝宝的睡眠环境安静、温暖。避免在宝宝睡眠时过度刺激，如开着明亮的灯光或播放嘈杂的音乐。
3.缺钙
宝宝在生长发育过程中，如果钙摄入不足或吸收不良，可能会导致缺钙，引起神经兴奋性增加，出现摇头等症状。
确保宝宝摄入足够的母乳或配方奶，以满足其钙需求。适当带宝宝晒太阳，促进钙的吸收。
4.耳朵问题
宝宝的耳朵可能会受到感染或有耳屎堆积，导致耳部不适，从而引起摇头。
定期检查宝宝的耳朵，如有需要，可请医生清理耳屎。注意观察宝宝是否有抓耳朵、哭闹等异常行为，以确定是否存在耳部问题。如果怀疑宝宝有耳部感染，应及时就医。
如果宝宝睡觉老摇头的情况持续存在或伴有其他异常症状，如哭闹、烦躁、睡眠不安等，建议及时咨询医生，以确保宝宝的健康。同时，每个宝宝的情况都是独特的，如果你对宝宝的睡眠问题有任何疑虑，最好与医生进行详细的讨论和咨询。
