3个多月的宝宝晚上哭闹可能是由于生理性因素、维生素D缺乏症、肠痉挛、肠套叠等因素引起的。
生理性因素包括饥饿、出汗不适、受惊、排尿等。宝宝发育需要能量，睡前没吃饱，睡眠中能量消耗完了就会出现晚上哭闹的现象。宝宝体温比成年人高，宝宝睡觉时衣服穿多了、被褥盖多了等情况都会导致宝宝出汗，出汗后不舒服，宝宝就会夜里哭闹。宝宝身体、神经等都未发育完全，稍微大一点的动静就容易导致宝宝夜里惊醒哭闹。宝宝不会说话，尿了以后会不舒服，也会导致夜晚哭闹来作为提醒。
3个月的宝宝出现维生素D缺乏症可能是由于宝宝身体里维生素D储备不足、日照量不够、发育较快维生素D的需要量增加、母乳中缺乏维生素D等原因导致的，宝宝胃肠道吸收功能差、居住在高海拔地区等情况都有可能诱导宝宝出现维生素D缺乏。此类宝宝可能出现晚上哭闹、多汗、易惊醒等症状。
肠痉挛分为原发性肠痉挛和继发性肠痉挛两种，原发性肠痉挛的病因目前尚不明确，主要可能是与宝宝的过敏体质有关，继发性肠痉挛则多由肠回转不良、肠套叠、肠重复畸形等器质性病变有关。此外肠道寄生虫、局部受凉、消化不良等因素也可能诱发肠痉挛。宝宝患有肠痉挛可能出现晚上哭闹、呕吐、腹痛等症状。
宝宝出现肠套叠多是由于肠道蠕动节律紊乱导致的，感染、肠道发育异常、幼儿息肉、憩室等因素也可能诱发肠套叠。宝宝患有肠套叠会出现晚上哭闹、腹痛、便血、腹部肿块等症状。
