子宫内膜异位症的确切病因尚不清楚，可能与子宫内膜种植、化生内膜、医源性的内膜移植、免疫防御功能缺陷及遗传因素有关。
子宫内膜异位症的确切病因尚不清楚，可能与以下因素有关。
子宫内膜种植：月经期，经血从宫口、阴道排出人体外，但是有小部分经血或者因为其他原因夹杂着脱落的子宫内膜碎片，由输卵管道流入腹腔，种植在盆腔脏器的表层，形成子宫内膜异位病灶。
化生内膜：人体在胚胎发育时期，卵巢表面上皮、腹膜、阴道直肠膈、脐部均由体腔上皮化生而来，这些组织在性腺激素、炎症、机械因素的刺激下能够转化，形成另一种组织，同样可以化生为子宫内膜，这也是子宫内膜异位症的原因之一。
医源性的内膜移植：这也是较为常见的子宫内膜异位症的原因，剖宫产术、中期妊娠剖宫取胎、分娩时挤压子宫时，可能将子宫内膜挤入子宫肌壁，造成子宫内膜异位症；甚至将子宫缝合在腹壁，还可导致子宫内膜异位症的发生。
免疫防御功能缺陷：随经血逆流至腹腔的子宫内膜，如同一种异物，会激活身体内的免疫系统，动员出大量的免疫细胞及体液来“围剿”消除，假如体内免疫功能缺陷，就会发展成为子宫内膜异位症。
遗传因素：临床观察发现，有家族病史的人，其患病的几率明显高于普通人，说明子宫内膜异位症的发生与遗传因素有一定的关系。
