适量食用阿拉伯糖无明显危害，过量食用阿拉伯糖可能会造成腹泻、低血糖、腹胀等危害。
阿拉伯糖属于糖苷酶制剂，服用后可以直接肠道糖苷酶活性，从而减少碳水化合物的吸收，促进排便，过量食用可导致排便次数增加，引起腹泻。
阿拉伯糖能够抑制小肠中的蔗糖酶活性，从而减少蔗糖吸收，降低血糖。过量食用可能使血糖水平下降较多，引起低血糖。
阿拉伯糖本身无法直接被机体吸收，在肠道内与被抑制吸收的蔗糖共同抵达小肠末端或大肠后，能够为肠道内益生菌提供养分，产生短链脂肪酸和气体，从而引起腹胀现象。
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