目前尚无数据记载脸上扁平疣最佳治疗，但常见的方式包括外用药物治疗、物理治疗、系统治疗等。
1.外用药物治疗
维A酸乳膏是一种常用的外用药物，可调节表皮角质形成细胞的有丝分裂，促进扁平疣消退。咪喹莫特乳膏具有免疫调节作用，能刺激局部免疫反应，有助于清除扁平疣。氟尿嘧啶软膏对扁平疣有一定的治疗效果，但可能会引起局部刺激和色素沉着。但需遵医嘱选用药物。
2.物理治疗
冷冻治疗利用低温作用于疣体，使组织坏死脱落，适用于扁平疣数量较少的情况。激光治疗通过激光的热效应去除疣体，可有效去除扁平疣，但可能会留下疤痕。电灼治疗利用电流产生的高温去除疣体，操作简单，但也可能留下疤痕。
3.系统治疗
抗病毒药物，如干扰素、阿昔洛韦等，可抑制病毒复制，促进疣体消退。免疫调节剂如卡介菌多糖核酸、胸腺肽等，可调节机体免疫功能，有助于扁平疣的治疗。
扁平疣的治疗方法应根据患者的具体情况选择，如疣体的数量、大小、分布部位以及患者的年龄、免疫状态等。在治疗过程中，患者应注意保持皮肤清洁，避免搔抓疣体，以免引起自身接种传播。同时，要注意避免与他人共用毛巾、脸盆等物品，以防传染给他人。
需要注意的是，扁平疣的治疗可能需要一定的时间，患者应耐心配合治疗，并遵循医生的建议。如果扁平疣治疗后复发，或出现其他异常情况，应及时就医复诊。此外，对于特殊人群，如孕妇、儿童、免疫功能低下者等，扁平疣的治疗应更加谨慎，需在医生的指导下进行。
