儿童发烧39.5℃还肚子疼可能与受凉、细菌感染、病毒感染等原因有关，需要根据原因采取合适的措施进行处理。
1、受凉
当儿童腹部受凉时，可能会导致胃肠道功能紊乱，引起肠痉挛或肠蠕动加快，从而引发肚子疼。同时，受凉还可能降低儿童的免疫力，使其更容易受到病毒或细菌的侵袭，进而引发发烧。对于穿衣过少或腹部受凉引起的肚子疼和发烧，可以通过增加衣物、喝温开水或腹部热敷来增强腹部的保暖，有利于缓解寒性的腹痛和降低体温。如发烧持续，可采用物理降温方法，如贴退热贴、温水擦浴等，同时密切关注体温变化。
2、细菌感染
细菌可能通过食物、水源或空气等途径进入儿童体内，引发肠胃炎、阑尾炎、尿路感染等疾病。这些疾病会导致儿童出现高烧、腹痛、恶心、呕吐等症状。如怀疑细菌感染，应及时就医进行血常规、尿常规等检查，以明确诊断。在医生指导下，使用敏感的抗生素进行治疗，以杀灭细菌并缓解症状。
3、病毒感染
病毒感染也是导致儿童发烧和肚子疼的常见原因。病毒可能通过呼吸道、消化道等途径进入儿童体内，引发手足口病、流感、肠胃炎等疾病。这些疾病会导致儿童出现高烧、腹痛、腹泻、呕吐等症状。如怀疑病毒感染，应及时就医进行病毒检测等检查，以明确诊断。在医生指导下，使用抗病毒药物进行治疗，以抑制病毒复制并缓解症状。
同时，家长应密切关注儿童的症状变化，及时就医检查并遵循医生的建议进行治疗。
