卵巢巧克力囊肿大多为良性，有一定恶变率，恶变率为0.7%～10%，绝经后妇女恶变危险性较高。
卵巢巧克力囊肿大多数是良性肿瘤，但有一定的恶变率。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，黏稠如糊状，似巧克力，故又称“巧克力囊肿”。
虽然大多数卵巢巧克力囊肿是良性的，但也有一定的恶变率。巧克力囊肿的恶变率国内外报道差异较大，为0.7%～10%。巧克力囊肿的恶变多发生在绝经后妇女，患者年龄越大，恶变的危险性相应越高。
巧克力囊肿的诊断主要依靠病史、症状、妇科检查、B超及血清CA125测定等。治疗方法主要有期待治疗、药物治疗、手术治疗等。手术治疗包括保守性手术和根治性手术，根治性手术即为行子宫及双侧附件切除术。
对于卵巢巧克力囊肿患者，应定期进行妇科检查，以便早发现、早治疗。
