神经外科主要处理的疾病是有关中枢神经系统需要外科治疗的疾病，因此需要与周围神经系统疾病有所区分。
神经外科主要做的工作是有关脊柱脊髓方面的，脊髓的疾病主要包括椎管内肿瘤以及脊髓空洞症和Chiari畸形方面的手术。神经外科的疾病主要包含了外伤、肿瘤以及其他的脑血管病、感染等。所有需要外科手术治疗的一般都是神经外科处理。
神经外科的疾病在各个医院的重点不太一样。比如在以骨科为主的医院里面，神经外科的疾病主要是椎管内肿瘤以及脊髓空洞症、Chiari畸形。
神经外科的疾病与其他科室的神经方面相关的疾病最大的不同之处是，周围神经系统疾病一般是由手外科来负责，而涉及到脊柱稳定性方面的工作，一般是由脊柱外科来做。
