自费疫苗又称二类疫苗，属于公民自费且自愿接种的疫苗，仅在有条件并不存在禁忌症的情况下，推荐患者接种，而非必须接种。由于婴幼儿体质较弱，抵御病毒侵袭的能力也较弱，因此推荐尽早接种疫苗，临床没有必打的5种疫苗，但是常见的自费疫苗有轮状病毒疫苗、水痘减毒活疫苗、肺炎疫苗、流感疫苗、手足口病疫苗等。
1.轮状病毒疫苗
主要目的是预防轮状病毒肠炎，推荐2个月至3岁的儿童接种。常见的不良反应包括第1剂接种5天左右，偶见低烧、食欲缺乏、精神活力下降等症状，第2剂仅轻度发烧，第3剂少见不良反应。由于较大的幼儿可在接种第1剂后出现较明显的副作用，因此推荐在6个月龄之前接种第1剂。
2.水痘减毒活疫苗
适用于12个月龄以上的幼儿以及健康人预防水痘。通常12月龄至12岁者注射1个剂量，13岁以上者注射2个剂量，间隔6-10周左右，具体时间根据疫苗接种部门要求。
3.肺炎疫苗
预防肺炎球菌引起的肺炎。7价为肺炎结合疫苗，主要适用于2岁以下的儿童。23价为肺炎球菌多糖疫苗，适用于2岁以上的儿童及健康人，不良反应主要表现为可自愈的接种部位红肿、发热，偶见低热、无力、关节痛、皮疹等症状。
4.流感疫苗
主要预防流行性感冒，简称流感，适用于5岁以下的儿童，成人也可接种。主要的不良反应包括接种部位疼痛、全身发热等，且接种后需要留观30分钟左右。
5.手足口病疫苗
手足口病是儿童常见的感染性疾病，以肠道病毒感染多见，推荐起始接种年龄为6-10月龄，6月龄至5周岁的儿童应尽早接种。尤其是预防重症手足口病。
此外，甲肝疫苗、B型流感嗜血杆菌疫苗(HIB疫苗)等自费疫苗对于预防疾病也有一定作用，患者可在医生指导下自愿接种。需要明确的是，接种疫苗并不代表完全免疫，患者还需在疾病高发期以及日常生活中做好自我防范，提高卫生意识。
