扁平疣的治疗方法有外用药物治疗、物理治疗、手术治疗、系统治疗等，并没有什么最佳治疗方法。
1.外用药物治疗
建议遵医嘱用药治疗，维A酸乳膏适用于扁平疣的治疗，可促进表皮细胞更新，调节表皮细胞增殖和分化，使疣体脱落。咪喹莫特乳膏具有免疫调节作用，可抑制HPV感染导致的细胞增生，从而使疣体消退。氟尿嘧啶能抑制细胞内胸腺嘧啶核苷合成，干扰DNA合成，对扁平疣有一定的治疗效果。
2.物理治疗
冷冻治疗利用低温作用于疣体，使疣体坏死、脱落，适用于扁平疣数量较少、疣体较小的患者。激光治疗通过激光的高温作用，使疣体碳化、气化，从而达到治疗目的，适用于扁平疣数量较多、疣体较大的患者。电灼治疗利用电流的热效应，使疣体坏死、脱落，适用于扁平疣数量较多、疣体较大的患者。
3.手术治疗
疣体切除术适用于疣体较大、药物治疗或物理治疗效果不佳的患者。自体疣埋植术将自身疣体组织埋植于皮下，通过免疫反应使疣体消退。适用于扁平疣数量较少、疣体较小的患者。
4.系统治疗
免疫调节剂，如卡介菌多糖核酸、胸腺肽等，可调节机体免疫功能，增强抗病毒能力，从而促进扁平疣消退。抗病毒药物，如干扰素、阿昔洛韦等，可抑制病毒复制，对扁平疣有一定的治疗效果。需要注意的是，这些药物也需要在医生指导下使用。
