40天宝宝晚上9到12点就哭闹考虑是饥饿、大小便刺激皮肤等生理性原因所引起，也考虑与体内缺乏微量元素、肠痉挛等因素有关，处理措施要根据原因决定，具体如下：
1、饥饿
如果宝宝在睡觉前没有进食，则晚上容易饥饿，此时宝宝会通过哭闹的方式提醒家长进行喂奶。
针对此种情况，一般在宝宝进食后哭闹的症状会缓解，不用进行特殊处理。
2、大小便刺激皮肤
如果宝宝晚上排尿、排便后家长没有及时更换尿不湿，可使肛门周围的皮肤受到大小便的刺激，进而会出现不适感，导致宝宝哭闹。
家长应该及时给宝宝更换尿不湿，并且使用干净柔软的湿纸巾清洁皮肤，保持皮肤清洁、干爽，宝宝哭闹的症状会有所消失。
3、体内缺乏微量元素
如果因为喂养不当、日光照射不足等因素使宝宝体内缺乏维生素D、钙等营养物质，容易造成宝宝神经兴奋性增高，而且在晚上睡觉时还会出现四肢抽搐、疼痛等症状，所以会导致宝宝哭闹。
家长要经常给宝宝晒太阳，促进体内钙的合成。在症状严重时还需要遵医嘱使用维生素D滴剂、鱼肝油、乳酸钙、碳酸钙等药物进行治疗。
4、肠痉挛
肠痉挛是由于肠壁平滑肌强烈收缩或是肠胀气所致，可使宝宝腹部突然出现疼痛感，而且常在夜间发生，宝宝会出现哭闹、烦躁不安、双足发凉等症状，食物蛋白过敏、喂养不当、腹部受凉等会诱发肠痉挛。
家长可以采取飞机抱的姿势抱宝宝，还可以使用热毛巾热敷腹部，能够缓解肠壁平滑肌痉挛的症状，从而减轻肠绞痛。此外，还可以使用阿托品、颠茄片等药物解除平滑肌痉挛，但是由于宝宝较小，一般不建议使用。日常也要注意正确喂养、注意腹部保暖，防止受凉等措施去除诱因。
