蛋白质的消化过程一般包括口腔阶段、胃阶段、小肠阶段、结肠阶段等。
1、口腔阶段
当蛋白质食物进入口腔时，首先通过牙齿的咀嚼作用被物理性地破碎成小块，这有助于后续的消化和吸收。虽然唾液中主要含有淀粉酶和电解质、黏液等成分，对蛋白质的化学消化作用有限，但这些成分有助于食物的湿润和初步润滑，为后续的消化过程做准备。
2、胃阶段
食物经过食道进入胃后，胃壁细胞开始分泌大量的胃酸。胃酸能使蛋白质变性，这是蛋白质消化的第一步。在胃酸的激活下，胃蛋白酶原转变为具有活性的胃蛋白酶。胃蛋白酶是蛋白质消化的主要酶类之一，它能够分解蛋白质中的肽键，将大分子的蛋白质初步水解成较小的多肽片段和少量游离氨基酸。但需要注意的是，并非所有蛋白质都在胃中被完全消化，只有部分蛋白质被分解为多肽等小分子物质。
3、小肠阶段
未经胃完全消化的蛋白质以及多肽等小分子物质进入小肠后，小肠内的胰蛋白酶和肠蛋白酶继续发挥作用。胰蛋白酶是蛋白质消化的关键酶之一，它能够进一步水解多肽片段，生成更小的肽段和更多的游离氨基酸。此外，肠液中的肠肽酶也能辅助这一过程，确保蛋白质的彻底消化。经过小肠内多种酶类的消化作用后，蛋白质被分解成氨基酸这一人体能够直接吸收和利用的形式。氨基酸通过小肠绒毛上皮进入血液，随后被运送到全身各组织器官，参与机体的代谢过程。
4、结肠阶段
如果机体消化吸收功能不佳，或者摄入的蛋白质过多超过机体的消化能力，部分蛋白质可能会随食物残渣进入结肠。在结肠内，细菌会将这些蛋白质分解为硫化氢、粪臭素、吲哚等物质，大部分随粪便排出体外，少量被黏膜吸收后随血液循环进入肝脏进行生理解毒处理。
