治疗灰指甲的方法一般包括外用抗真菌药物、化学药物封包、口服抗真菌药物、激光治疗、光动力治疗以及手术拔甲等。偏方效果无法保证，甚至可能加重灰指甲症状，所以一般不使用。
1.外用抗真菌药物
对于远端侧位甲下型灰指甲，可遵医嘱使用阿莫罗芬搽剂、盐酸特比萘芬溶液、环吡酮胺乳膏等，每日涂抹，疗程通常需数月，直至新甲完全长出。
2.化学药物封包
常用的有40%尿素软膏，将其涂于病甲上，用胶布封包，可使病甲软化、脱落。这种方法也应遵医嘱使用，适用于单个病甲，在病甲脱落后，继续外用抗真菌药物以防止复发。
3.口服抗真菌药物
对于多个指甲受累或局部治疗效果不佳的患者，常采用口服药物治疗，伊曲康唑、特比萘芬、氟康唑等药物较为常用，可遵医嘱用药。服用这些药物时需定期监测肝功能，以确保用药安全。
4.激光治疗
Nd：YAG激光等设备被应用于灰指甲治疗，原理是凭借激光所产生的光热效应，对病甲发起作用。这种光热能量能够精准地作用于甲板中的真菌，有效将其破坏。由于灰指甲的治疗难度较大，通常需要多次进行激光治疗，才能达到理想的效果。而且，激光治疗的费用相对较高，这在一定程度上限制了其广泛应用。
5.光动力治疗
借助特定波长的光照射，再配合光敏剂共同发挥作用。在光与光敏剂相互作用的过程中，会产生单线态氧等活性氧物质。这些活性氧物质具有很强的氧化性，能够对真菌细胞结构造成严重破坏，进而达到杀灭真菌的目的。光动力治疗的安全性颇高，对患者身体的不良影响较小。
6.手术拔甲
当灰指甲病情严重，病甲出现严重增厚、变形等情况，且经过药物治疗后未见成效，对患者日常生活造成极大影响时，可考虑采用手术拔甲的方式。该手术是在局部麻醉的状态下，将患病的指甲拔除。但是，这种方法存在一定弊端，术后患者需要经历较长的恢复时间，期间会承受较大的痛苦。而且，手术创口容易引发出血、感染等并发症。所以，手术拔甲一般不会单独施行，而是常常与药物治疗联合应用，术后还需配合使用抗真菌药物，以巩固治疗效果，防止灰指甲复发。
