三个月宝宝下半夜睡觉动来动去可能是生理现象，也可能是环境、喂养、疾病等因素引起，家长可根据具体情况进行判断，必要时及时就医。
三个月宝宝下半夜睡觉动来动去，可能是以下原因：
1.生理原因：宝宝神经系统发育不完善，大脑皮层兴奋性低，睡眠时深浅睡眠转换，可能会出现动来动去、哼哼唧唧、哭闹等情况。这是正常的生理现象，随着宝宝的生长发育，会逐渐改善。
2.环境因素：宝宝睡眠的环境温度过高或过低、被褥过厚或过薄、周围环境嘈杂等，都可能影响宝宝的睡眠，导致宝宝动来动去。
3.喂养问题：宝宝饥饿、口渴、尿不湿不舒服等，也可能导致宝宝睡不踏实，动来动去。
4.疾病因素：维生素D缺乏性佝偻病、肠痉挛、消化不良等疾病，也可能导致宝宝睡眠不安，出现动来动去的情况。
如果宝宝下半夜睡觉动来动去的同时，还伴有哭闹、烦躁、多汗、枕秃等症状，可能是维生素D缺乏性佝偻病引起的，需要及时补充维生素D和钙剂。如果宝宝伴有腹痛、腹胀、呕吐、腹泻等症状，可能是肠痉挛或消化不良引起的，需要及时就医，明确病因，对症治疗。
此外，家长在护理宝宝时，要注意保持宝宝睡眠环境的安静、舒适，温度和湿度适宜，及时给宝宝更换尿不湿，喂养要适量，避免过度喂养或饥饿。同时，要注意观察宝宝的精神状态、食欲、大小便等情况，如有异常，及时就医。
