手足口病分为五期：
第一、初诊期。主要表现为发热，手、足、口、臀部等部位会出现皮疹，可以伴有流涕、食欲不振等表现。部分病例表现为皮疹不典型或是疱疹性咽炎，也可以没有皮疹，此期属于手足口病的普通型，绝大多数可以治愈。
第二、神经系统受累期。少数手足口病患儿可以出现中枢神经系统的损害，多发生在病程的1～5天内，表现为精神差、嗜睡、吸吮无力、易惊、头痛、呕吐、烦燥、肢体抖动、肌无力、颈项强直、眼球震颤等，此期属于手足口病重症病例。
第三、心肺功能衰竭的前期。多发生在病程的5天以内，表现为心率和呼吸的增快，往往心率可以达到160以上，患儿还会出现冷汗、四肢末梢发凉、皮肤发花、血压升高等现象。此期属于手足口病危重病例，也是降低死亡率的关键时刻，需要及时识别和治疗。
第四、心肺功能衰竭期。患儿可在第三期基础上迅速地进入该期，临床表现为心动过速，个别患儿可以出现心动过缓、呼吸急促、口唇发绀和粉红色泡沫痰和血性痰、血压降低或者休克的情况，亦有部分病例出现严重的脑功能衰竭，表现为抽搐和严重的意识障碍。此期属于手足口病的重症危重型，病死率较高。
第五、恢复期。随着体温逐渐恢复正常，对血管活性药物的依赖性逐渐降低，神经系统受累的症状和心肺功能的逐渐恢复，就会进入恢复期，少数患者可遗留神经系统后遗症。部分手足口病患儿可在病后2～4周有脱甲的症状，新甲于1～2个月长出。
