新生儿腹泻的原因主要有喂养不当、腹部着凉、肠道菌群失调、乳糖不耐受、感染因素等。
一是喂养不当。如果喂养不定时、喂养量过多或过少，都可能使新生儿的消化系统不能适应，从而导致胃肠功能紊乱而出现腹泻。比如过度喂养可能加重新生儿胃肠道的负担，引起消化吸收不良，进而出现腹泻。
二是腹部着凉。新生儿腹部保暖不当，容易使胃肠道受到寒冷刺激，引起肠道蠕动加快，导致腹泻发生。尤其在环境温度变化较大时，若没有及时调整衣物或覆盖，就容易出现这种情况。
三是肠道菌群失调。新生儿肠道正常菌群尚未完全建立，当受到外界因素干扰时，容易出现菌群失调。这会影响肠道的正常功能，导致腹泻等问题。例如使用抗生素等药物可能会破坏肠道内有益菌和有害菌的平衡。
四是乳糖不耐受。部分新生儿可能存在乳糖酶缺乏或活性不足，不能很好地消化母乳或配方奶中的乳糖，从而引起腹泻，常伴有腹胀、腹痛等表现。
五是感染因素。这包括细菌、病毒、真菌等病原体的感染。比如轮状病毒是引起新生儿腹泻的常见病毒，可通过粪-口途径传播，感染后会导致肠道炎症和功能紊乱，引起腹泻。细菌感染如大肠杆菌等也可能引发腹泻，这类细菌产生的毒素会破坏肠道黏膜，影响肠道正常的吸收和分泌功能。
