早晨刚睡醒时体温偏高可能与散热速度缓慢、感冒、内分泌疾病、急性胃肠炎等因素有关。
机体在经过长时间的睡眠后，受脑垂体激素的影响，患者的代谢速度与周身血液流动速度比较缓慢，导致皮肤散热速度比较慢，加上室内温度较高，患者会出现体温偏高的现象。
不论是普通感冒还是流行性感冒，患者都可能在早晨刚睡醒时出现体温偏高的症状。感冒主要是由于细菌和病毒感染导致的，患者会出现咳嗽、打喷嚏、流清水鼻涕等症状，尤其当患者免疫力下降的时候，体内的致病菌可以调高下丘脑体温中枢的调定点，患者体温会升高。
常见的内分泌疾病有甲状腺旁腺疾病、垂体性疾病、肾上腺疾病等，通常是由于激素异常导致的。由于内分泌中枢位于下丘脑，下丘脑也是温度调节中枢，当激素异常导致内分泌疾病发生后，患者体内的能量代谢会增加，散热困难便会导致患者在早晨刚睡醒时体温增高。
当患者夜里睡觉时腹部受凉，或前天晚上吃了不干净的食物均会导致胃肠道中出现病菌感染导致炎症发生，最终可能会引发急性胃肠炎。患者早晨刚睡醒时会出现发热、腹泻、腹痛等症状，伴随恶心想吐等。
患者早晨起床可以饮用一杯温水来加快机体代谢促进散热，也可以及时采取物理降温，如冰敷、酒精擦拭等来降低机体温度，若体温过高，还可以服用布洛芬缓释剂、吲哚美辛片等药物进行消炎镇热处理。
