对于高度怀疑有先天性巨结肠的3岁孩子，需要进行直肠指诊、钡剂灌肠X线检查、直肠黏膜活检及其他相关检查，以综合评估和诊断。
先天性巨结肠是一种先天性肠道发育畸形，主要是由于直肠或结肠远端的肠管持续痉挛，粪便淤滞在近端结肠，使该肠管肥厚、扩张。对于3岁孩子，如果高度怀疑有巨结肠，需要进行以下检查：
1.直肠指诊：这是一种简单而重要的检查方法。医生通过手指插入直肠，触摸肠壁的情况，了解是否有狭窄、硬块等异常。
2.钡剂灌肠X线检查：这种检查可以帮助医生了解结肠的形态和功能。孩子在检查前需要服用钡剂，然后进行X线拍摄，医生可以通过观察钡剂在肠道中的运行情况，判断是否存在巨结肠。
3.直肠黏膜活检：如果其他检查结果不明确或存在疑虑，医生可能会建议进行直肠黏膜活检。通过从直肠黏膜取一小块组织进行病理检查，来确定是否存在病变。
此外，医生还会根据孩子的具体情况，进行一些其他检查，如血常规、血生化等，以评估孩子的整体健康状况。
需要注意的是，先天性巨结肠的诊断需要综合考虑临床表现、检查结果等多方面因素。如果孩子有便秘、腹胀等症状，家长应及时带孩子就医，以便早期诊断和治疗。
总之，对于3岁孩子的巨结肠检查，需要进行全面的评估和诊断。家长应积极配合医生的检查和治疗，以确保孩子的健康。
