低位肛瘘手术治疗为主，包括肛瘘切开术、肛瘘切除术、挂线疗法、肛瘘切开挂线术等，术后需注意保持肛门清洁、调整饮食、定期换药、观察病情。
低位肛瘘是指瘘管位于肛管直肠环以下，较为常见，好发于青壮年男性。肛瘘不能自愈，必须手术治疗。手术治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。手术方式很多，手术应根据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。
肛瘘切开术：适用于低位肛瘘。是将瘘管全部切开开放，靠肉芽组织生长使伤口愈合的方法。
肛瘘切除术：适用于低位单纯性肛瘘。切除瘘管及其周围的瘢痕组织、皮赘等。
挂线疗法：是利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘的方法。适用于距肛缘3-5cm内，有内外口的低位肛瘘；亦作为复杂性肛瘘切开或切除后的辅助治疗。
肛瘘切开挂线术：适用于高位肛瘘。切开瘘管并将瘘管壁全部切除至健康组织，创面不予缝合；若创面较大，可部分缝合，部分敞开，填入油纱，使创面由底向外生长至愈合。
肛瘘术后要注意以下事项：
保持肛门部清洁：便后用温水或1：5000高锰酸钾溶液坐浴，可改善局部血液循环，促进炎症吸收，减轻疼痛，并保持局部清洁。
调整饮食：术后应多吃蔬菜水果，多饮水，使大便保持通畅，避免辛辣刺激性食物。
定期换药：术后创面由基底逐渐生长肉芽而愈合，一般需2-3周的时间，在此期间需定期换药，以促进伤口愈合。
观察病情：术后要注意观察伤口有无渗血、渗液，有无疼痛加剧等情况，如有异常应及时就医。
总之，肛瘘的治疗方法较多，手术治疗是主要的治疗方法。术后要注意保持肛门部清洁，调整饮食，定期换药，观察病情，如有异常应及时就医。
