呼吸扁桃体疼可能是流行性感冒、化脓性扁桃体炎、咽炎等疾病造成的，需要明确病因后进行针对性处理。
1、流行性感冒
流行性感冒是感染流感病毒引起的一种急性呼吸道传染病，因为流感病毒主要通过呼吸道飞沫传播，其进入呼吸道后会与呼吸道表面纤毛柱状上皮细胞的特殊受体结合而进入细胞。扁桃体是人体口腔的免疫器官，当其受到病毒感染后会出现充血、肿大的现象，因此患者会有呼吸扁桃体疼的症状。
流行性感冒患者需要注意隔离，保持室内通风，增加饮水量。同时可遵医嘱使用抗病毒药物治疗，如奥司他韦、扎那米韦、帕拉米韦等。高热、扁桃体疼痛的患者可以配合使用解热药物缓解，如布洛芬、对乙酰氨基酚、双氯芬酸钠等。大多患者在对症处理后预后良好，可以痊愈。
2、化脓性扁桃体炎
化脓性扁桃体炎起病急，多是致病微生物感染扁桃体引起的急性化脓性炎症，主要表现为扁桃体肿胀、咽部剧烈疼痛。呼吸的时候，部分患者会因为吸入冷空气刺激充血、肿胀的扁桃体而加剧疼痛。
化脓性扁桃体炎病程进展快，患者可以遵医嘱使用抗生素治疗，如青霉素、红霉素、阿奇霉素等，用药需足疗程、足量。患者还应每天用温盐水漱口，有一定清洁、止痛的作用。没有其他并发症的患者在及时、规范的治疗后7~10天可以治愈，预后良好，不必过于担心。
3、咽炎
致病微生物感染、粉尘、气候干燥等因素会导致咽部发生非特异性炎症，患者会自觉咽部灼热、发痒，随着病情发展出现咽部疼痛、吞咽不适的症状。因为扁桃体与咽部邻近，患者可能会误认为是扁桃体疼，呼吸期间会因为吸入刺激性气体或气候干燥加剧疼痛。
患者需要增加饮水量，饮食以清淡为主，保持所处环境清洁、湿润。无明显全身症状或全身症状较轻者，可以使用复方硼砂溶液、呋喃西林溶液、复方氯己定含漱液等含漱，有抗炎的作用。合并细菌感染者，应根据药敏试验结果选择敏感性抗生素治疗，如阿莫西林、头孢曲松钠、头孢克肟等。如果存在病毒感染，患者可以使用奥司他韦、帕拉米韦等抗病毒药物治疗。一般没有并发症的急性咽炎患者通过局部治疗、日常生活管理后一周左右可以治愈，预后良好。慢性咽炎病程较长，较难彻底治愈。
除了上述较为常见的原因会导致呼吸扁桃体疼，也不能排除扁桃体周围脓肿的可能，患者需要明确病因后进行相应的治疗。
