慢性结肠炎的病因尚不完全明确，可能与自身免疫、感染、遗传和神经精神因素等有关。
慢性结肠炎是一种病因尚不十分清楚的结肠和直肠慢性非特异性炎症性疾病，病变局限于大肠黏膜及黏膜下层。其发病可能与下列因素有关：
1.自身免疫：多数学者认为本病属于自身免疫性疾病。因为本病并发自身免疫病（如自身免疫性溶血性贫血）者较多，肾上腺皮质激素能使病情缓解，在部分患者的血清中可查到抗结肠上皮细胞抗体。某些患者感染肠道菌后，可与结肠上皮细胞抗原起免疫反应，损伤结肠黏膜，并且患者的淋巴细胞对胎儿结肠上皮细胞有细胞毒作用，提示怀疑结肠炎的发生还可能与细胞免疫异常有关。
2.感染：本病的病理变化和临床表现与一些结肠感染性疾病（如细菌性痢疾）相似，因此，感染可能是本病的病因之一。感染途径可能是通过粪口，还可能是通过血行播散。
3.遗传：本病的血缘家庭发病率较高，提示遗传因素可能参与本病的发病。
4.神经精神因素：有人认为精神因素在发病中起一定作用，患者多有某些性格特征，对于生活中重大事件的心理承受能力和适应性差，属心身疾病一类，心身疾病强调心理因素在疾病的发生或病程中起重要作用。
综上所述，慢性结肠炎的病因尚不完全明确，可能与自身免疫、感染、遗传和神经精神因素等有关。
