男性小便刺痛可能与尿道炎、膀胱结石或前列腺炎等疾病有关，要根据情况进行处理。
尿道炎可能与淋球菌、沙眼衣原体或生殖支原体等病原体感染有关，年龄在15-24岁之间、高危性行为或接触被病菌污染的物品等因素也会增加尿道炎的风险，病原体侵袭尿道引起炎症反应，患者会出现尿道刺痛、尿急、尿频、尿道异常分泌物等症状。如果是淋球菌感染，患者可以使用注射用头孢曲松钠、注射用盐酸大观霉素或左氧氟沙星胶囊等药物治疗，非淋球菌感染者可以使用喹诺酮类、大环内酯类或四环素类药物治疗。如果继发尿道狭窄，患者可以定期扩张尿道，必要时行尿道狭窄切开或尿道膀胱镜下尿道内切除术治疗。
膀胱结石可能与肾脏或输尿管结石进入膀胱、下尿路梗阻等因素有关，肥胖、有膀胱结石家族史、气候湿热或长期服用维生素等因素也会诱发膀胱结石，排尿时结石指膀胱内随尿液活动，摩擦膀胱壁后患者会出现尿道刺痛、排尿困难或终末血尿等症状。患者可以在医生的指导下使用枸橼酸钾颗粒、别嘌醇片或碳酸氢钠片等药物促进结石排出，如果及时体积较大无法自行排出，患者可以进行手术治疗，比如经尿道取石术、冲击波碎石术或开放式手术等。
前列腺炎可能与细菌感染、排尿障碍、精神心理因素或免疫异常等因素有关，不规律的性生活、久坐、酗酒或辛辣饮食等因素会增加前列腺炎的发病几率，患者会出现尿道刺痛、尿频、尿急或骨盆区域疼痛等症状。患者可以使服布洛芬缓释胶囊、塞来昔布胶囊或甲磺酸多沙唑嗪片等药物缓解疼痛症状。患者还可以使用氟喹诺酮类、大环内酯类或头孢菌素类等药物控制感染。急性前列腺炎并发脓肿后，患者可以行手术治疗，比如切开引流术、前列腺穿刺排脓术等。
