手指甲有凹陷可能是由多种原因引起的，常见的原因通常包括营养缺乏、局部外伤、皮肤病、系统性疾病、感染、药物副作用等。
1、营养缺乏
当身体缺乏某些重要的营养物质时，如蛋白质、钙、铁、锌、维生素A、B族维生素等，可能会导致指甲生长异常，出现凹陷。蛋白质是指甲的重要组成部分，缺乏会影响指甲的硬度和正常形态；钙有助于指甲的坚固；铁对于血红蛋白的形成至关重要，缺乏可影响指甲的营养供应；锌在指甲的生长和修复中起作用；维生素A对皮肤和指甲的健康很重要；B族维生素参与多种代谢过程，缺乏也可能波及指甲。
2、局部外伤
手指甲遭受严重的挤压、碰撞等外伤，可能会损伤指甲的甲床，在恢复过程中出现凹陷。这种情况下，指甲的生长会受到干扰，随着时间推移，新长出的指甲可能会有凹陷表现。
3、皮肤病
某些皮肤病如银屑病、斑秃、扁平苔藓等，可能影响指甲的正常生长，导致凹陷。例如，银屑病患者由于皮肤的炎症反应，常常伴有指甲的病变，包括凹陷、增厚、变色等；斑秃患者有时也会出现指甲的异常；扁平苔藓可累及指甲，造成多种形态改变，包括凹陷。
4、系统性疾病
一些系统性疾病，如缺铁性贫血、甲状腺功能减退、雷诺氏病等，可能通过影响全身的代谢或血液循环，间接导致指甲出现凹陷。例如，缺铁性贫血可因铁缺乏而影响指甲；甲状腺功能减退时，机体代谢减慢，指甲的生长和更新也可能受到影响；雷诺氏病可引起肢端血液循环不良，进而影响指甲。
5、感染
手指甲感染真菌等病原体，可引发灰指甲等疾病，出现指甲增厚、变色、凹陷等多种异常表现。真菌侵犯指甲后，会破坏指甲的结构和正常生长。
6、药物副作用
某些药物可能对指甲产生不良影响，导致凹陷等异常。长期使用某些化疗药物等可能出现这种情况。
如果发现手指甲有凹陷，尤其是伴有其他症状如指甲变色、增厚、易碎、疼痛，或者有身体其他部位的不适时，应及时就医，进行相关检查如血常规、微量元素检测、甲状腺功能检查、皮肤检查等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，保持均衡的饮食、避免指甲过度受伤、积极治疗基础疾病等对于预防和改善指甲凹陷也很重要。
