首先胃肠镜的检查本身就是一种侵入性检查，如果光检查很少有并发症。肠镜做的时候偶尔也有千分之一的几率出现穿孔，因为肠子如果长得特别扭曲，或者是做过手术的人肠粘连比较严重，操作起来很困难，但做手术那就是例外了，做手术本身就是要去掉一块组织，就是用各种工具来治疗，现在手段比较多，息肉治疗后常见并发症应该是术后出血，出血有急性出血、迟发性出血。
急性出血是在做的时候就看见了，此时比较好处理，因为止血工具有电灼热的办法把血管烧闭;还有一种是用夹子、钳夹，用机械的方法把血管阻断。
但是迟发性出血就不好说了，因为迟发性出血可能在一个礼拜以后出现，肠镜下止血是通过电灼，就是激光止血，一种就是用机械的方法，止血夹，夹的好就不再出血。所以现在多半是迟发性出血，在常规的把息肉割掉以后，因为肠壁薄，并不能看见出血还是没出血，此时都上个夹子保险一点，免得回家出血，这夹子是无害的，放着对人体没有危害，可能很长时间才脱落，所以是不要紧的。
因此，一般做完肠镜治疗以后建议病人要休息两天，并不是卧床不动，就是不要去做体力活动;还有要少吃辛辣刺激的东西、粗糙的食物不要吃，有时候夹子夹得不太牢，粗糙的食物摩擦掉，掉了以后就会有出血，此时就变成迟发性出血。
最严重的并发症是穿孔，迟发性穿孔是少见的，多半都是当时就发现了，或者是当天晚上就发现了，但是总归不好。所以都是预防性的上夹子，发生穿孔的几率很少，尤其现在医院甚至于用内镜的方法去割胆囊，用内镜的方法去割阑尾，创伤都比较大的，所以胃底稍微大一点的间质瘤必然会穿孔的。
这些情况都要住院的，住院就是输液，不让吃东西，休息几天，即使有气体漏到肠腔里面也会吸收，所以问题都不大，不需要外科手术，都是可以解决的，现在最怕的就是穿孔。
